HS3 er baseret på det succesrige JTAG-HS1 ved at føje en open-drain buffer til ben 14, der giver mulighed for at foretage fejlfinding af Xilinx Zynq-SOC-processorer. Når det er sluttet til en pc via et standard A til micro-USB-kabel, modtager JTAG-HS3 strøm fra USB'en og kan genkendes som et Digilent-programmeringskabel, selvom HS3 ikke er sat på målkortet. JTAG-bussen kan deles med andre enheder, da HS3's signaler holdes i højimpedans, undtagen når den køres aktivt under programmering. HS3 er lille og let, så det kan holdes sikkert på plads af systemkortets stik.